การเปิดกรุอย่างเป็นทางการขึ้น พ.ศ 2500
ท่านเจ้าอาวาสวัดบางขุนพรหม ในขณะนั้น คือ พระครูอมรคณาจารย์ ( เส้ง สํวรปฺญโญ ) จึงตัดสินใจให้นำพระสมเด็จฯ ออกมาจากเจดีย์อย่างเป็นทางการ และ นำมาให้ประชาชนผู้นิยมในพระสมเด็จฯ เช่าบูชา เพื่อนำไปสร้างพระอุโบสถใหม่
พระครูบริหารคุณวัตร ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบางขุนพรหม ได้กล่าวไว้ว่า ในเดือนตุลาคม พ.ศ 2500 ทางวัดได้พบมีรอยขุดเจดีย์เป็นช่องทางขนาดคนเข้าได้ นับว่าเป็นการลักขุดสำเร็จเป็นครั้งแรก และ มีเสียงร่ำลือกันว่า ผู้รับขุดครั้งนี้ได้พระสมเด็จฯไปจำนวนมาก ท่านเจ้าอาวาสได้นำเรื่องนี้กราบเรียน ท่านเจ้าคณะพระเถระผู้ใหญ่ให้ทราบแล้ว ทางวัดจึงได้จัดตั้งกรรมการโดยอาราธนาท่านเจ้าคณะอำเภอพระนครเป็นประธาน พร้อมด้วยพระสงฆ์ในวัด ร่วมเป็นกรรมการฝ่ายสงฆ์ ฝ่ายฆราวาสได้เชิญนายบุญทอง เลขะกุล เป็นประธาน พร้อมด้วยกรรมการร่วม อีกหลายท่าน คณะกรรมการได้ประชุมปรึกษาหาลือเรื่อง วิธีการจะปิดกรุอย่างรีบด่วน และ รอบคอบที่สุด เพราะยิ่งวันเวลาเนิ่นนานเท่าไร ก็เป็นทางให้โอกาสเวลาแก่ลักมากยิ่งขึ้นเท่านั้น
ทางวัดพิจารณาเห็นว่า หากขืนปล่อยให้เป็นอยู่ย่างนี้สืบไป พระสมเด็จฯวัดบางขุนพรหม คงหมดไปจากกรุเป็นแน่แท้ จนทางวัดต้องดำเนินการเปิดกรุอย่างเป็นทางการขึ้น เมื่อวันอาทิตย์ ที่ 24 พฤศจิกายน 2500 โดยมี พลเอก ประภาส จุราเสถียร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่ง รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เป็นประธานกรรมการเปิดกรุ มีอธิบดีกรมศาสนาเจ้าคณะจังหวัด เจ้าคณะอำเภอ ตำรวจ ทหาร ร่วมด้วยในพิธีนี้ พอรุ่งขึ้นวันที่ 25 พฤศจิกายน คณะกรรมการก็ได้ทำการนับจำนวนพระที่ขุดได้ ปรากฏว่าได้พระสมเด็จฯ ที่สมบูรณ์ ทั้งหมด 2,950 องค์ นอกจากนั้นก็ได้พระสมเด็จตะกั่วถ้ำชา 1 องค์ สำหรับตะกรุดคงเป็นของคยสมัยนั้นนำเอามาบรรจุไว้ด้วย ส่วนพระสมเด็จที่หักชำรุดมีมาก พระบางองค์ได้ปะปนกับขี้กรุ และ ก้อนดินจำนวนมากก็มี และ ยังมีเศษพระสมเด็จที่แตกหักอีกเป็นจำนวนมาก ซึ่งทางวัดได้นำไปเป็นส่วนผสม ในการสร้างพระสมเด็จรุ่น ปี 2509
พระที่ได้จากการเปิดกรุนี้เรียกกันว่า “พระสมเด็จวัดบางขุนพรหมกรุใหม่” ซึ่งจะมีลักษณะพิเศษคือ จะปรากฏขี้กรุเป็นสีน้ำตาลแก่ และ มีคราบดินเกาะครอบคลุมองค์พระอยู่ทั่วไป ขี้กรุสีน้ำตาลนั้นสันนิษฐานว่า เกิดจากการที่ปี พ.ศ 2485 ซึ่งมีน้ำท่วมใหญ่ และ ท่วมกรุพระเจดีย์วัดบางขุนพรหมเป็นระยะเวลานานมาก ทำให้พระสมเด็จฯ ในกรุต้องแช่น้ำผสมผสานกับดินเหนียวที่ตกหล่นอยู่ในกรุตลอด ช่วงระยะเวลาที่มีการตกพระสมเด็จฯ จึงเป็นเหตุให้เกิดขี้กรุสีน้ำตาล อีกทั้งเกิดจาก “คราบกรุสีน้ำตาล” หรือ “ขี้กรุน้ำมันตังอิ๊ว”